巴東，古名為“巴”，主要分布在今川東、鄂西一帶。相傳周以前居武落鐘離山（今湖北長陽西北）一帶，廩君為**首領，后向川東擴展。周武王克殷，封為子國，稱巴子國。

春秋時與楚、鄧等國交往頻繁，對鄂西、川東的開發有重要貢獻。

周慎靚王五年（前316年）并于秦，以其地為巴郡。族人在川境的，部分稱板楯蠻；南移到今湘西的構成武陵蠻的一部分；先后移到今鄂東的，東漢時稱為江夏蠻，兩晉、南北朝時稱五水蠻。

東漢建安六年（201年）改固陵郡置。治所在魚復（復）（今重慶市奉節縣東，三國蜀漢改永安，晉復名魚復）。轄境相當于今四川開縣、萬縣以東，巫山西部以西的長江南北和大寧河中上游一帶。劉璋分巴郡置巴東屬國。治所在涪陵（今四川彭水）。轄境相當今四川東南部的黔江、彭水、武隆、酉陽等縣地。建安末劉備改其為涪陵郡。

隋開皇初廢郡，隋大業時又曾改信州為巴東郡。三國時為蜀漢東部門戶，有重兵屯守于此，隋開皇十八年（598年）置巴東縣。

唐武德二年（619年）置歸州，轄秭歸、巴東二縣，治所在秭歸。天寶元年（742年）改置巴東郡、治秭歸。乾元年（758年）復置歸州。

宋代仍名歸州。

元至元十四年（1277年）升為歸州路，隸湖廣行中書省，十六年（1380年）降為州。

明洪武九年（1376年）廢歸州置秭歸縣，此時巴東縣隸夷陵州（治所在夷陵，即宜昌）。十三年（1380年）復置歸州，轄興山、巴東二縣。

清順治五年（1648年），改“夷陵”為“彝陵”。

清雍正七年（1729年）升歸州為直隸州，轄長陽、興山、巴東、恩施四縣及容美、龍潭19個土司。

清雍正十三年（1735年），升彝陵州為宜昌府，改彝陵縣為東湖縣并為宜昌府治所，領東湖、興山、巴東、長陽、長樂5縣及歸州、鶴峰2州，隸屬荊宜施道。歸州降為縣級州，此時巴東縣隸宜昌府。

民國初年（1912年）廢府、州建制，實行省、道、縣三級制，巴東縣屬荊南道。

1949年，屬恩施專區。

1970年，屬恩施地區。

1983年，屬鄂西土家族苗族自治州（治所在恩施）。

1985年，籌備建立三峽省，巴東縣是三峽?。ɑI）的行政區劃范圍。

1986年，放棄三峽省籌備，仍屬湖北省鄂西自治州。

1993年，屬恩施土家族苗族自治州。

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